生物有机肥营养元素均衡，可以改良土壤和因使用化肥造成的土壤板结。改良土壤理化性质，增强土壤保水、保肥、供肥能力。生物有机肥中的有益微生物进入土壤，与土壤中的微生物形成共生增殖关系，可以控制有害菌的生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，群体间发挥协同作用。有益菌在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促进有机物的分解和转化，可以直接或间接为作物提供多种营养物质和刺激物质，从而促进和调节作物生长。提高土壤孔隙度、渗透性增加有益菌、土壤微生物和种群。同时，作物根系中形成的优势有益菌能控制有害病原菌的繁殖，增强作物的抗性和抗病能力，可通过连年施用得到很大改变。