根瘤菌肥料根瘤菌能与豆科植物共生、结瘤和固氮。用这种菌产生的微生物肥料被称为根瘤菌肥料。

固氮菌肥料自生固氮菌不与植物共存，没有寄主选择，独自生存在土壤中，能将空气中的游离分子氮固定下来，转化为植物可以利用的化合氮素。自生固氮菌和固体氮统称为自养固氮微生物；这种细菌产生的肥料被称为固氮菌肥。

磷细菌肥磷细菌能分解土壤和有机物中的有机磷化合物或转化土壤中的难溶性磷酸盐。这种菌产生的肥料叫做磷细菌肥料。如磷细菌、解磷真菌、菌根菌剂等。磷酸盐菌肥能分解土壤中的含钾的磷酸盐和磷灰石，如云母、长石等，并释放出钾，如磷酸盐细菌其他解盐微生物制剂。

钾细菌肥料钾细菌又称“硅酸盐细菌”，能强烈分解土壤中硅酸盐中的钾，转化为可供作物利用的有效钾。此外，它还具有分解土壤中难溶性磷的能力。这种菌产生的微生物肥料成为钾细菌肥料。

复合微生物肥料利用两种或两种以上的微生物肥料，称为复合微生物肥料。此外，根据产品中添加的有机肥、无机肥、微量元素肥、植物生长刺激素等其他物质，又可以区分为有机生物肥,有机-无机复合生物肥等