1、提高化肥利用率。

随着化肥的大量使用，其利用率不断降低是众所周知的事实。这说明仅仅靠大量施用化肥来提高作物产量是有限的，更不用说环境污染等一系列问题了。根据作物类型和土壤条件，施用微生物肥料配合化肥，既能保证增产，又能减少化肥用量，降低成本，同时还能改良土壤和作物质量，减少污染。

2.微生物肥料在环境保护中的作用

利用微生物的特定功能，将城市固体废弃物和农业废弃物进行分解发酵，制成微生物肥料，是一种经济、可行、有效的途径。目前主要采用两种方法。一种是以大量的城市固体废弃物为原料，通过工厂直接加工成微生物有机复合肥。二是将工厂生产的专用微生物肥料(接种剂)供应到堆肥厂(场)，然后将各种农畜物料堆积起来，加快发酵进程，缩短堆肥周期，提高堆肥质量和腐熟度。此外，微生物肥料被用作土壤净化剂。

3.土壤改良

肥料中的有益微生物能产生糖类，占土壤有机质的0.1%。它们与植物粘液、矿物胚和有机胶体结合，可以改良土壤团粒结构，增强土壤物理性质，减少土壤颗粒流失。在某些条件下，它们也能参与腐殖质的形成。因此，施用微生物肥料可以改良土壤的物理性质，有助于提高土壤肥力。