生物有机肥根据不同的作物选择不同的施肥方式。常用的施肥方法有：

　　撒施：结合深耕或在根系集中的区域和保持湿润的土层中均匀施入生物有机肥，使土肥融为一体。

　　条状施肥法：在葡萄、猕猴桃等作物或果树上条播，开沟或离果树5厘米开沟施肥后施肥播种。

　　环沟法：幼龄果树如苹果、桃、橙等。距离树干20-30厘米，在树干周围开一圈沟，施肥后覆土。

　　放射状沟施：苹果、桃、柑橘等成年果树，距树干30 厘米处，根据果树根系延伸情况，在周围开4-5个50 厘米长的犁沟，施肥后用土覆盖。

　　穴施：播种或移栽作物，如玉米、棉花、番茄等。向播种孔施肥，然后播种或移栽。

　　浸根法：对于移栽的作物，如水稻、番茄，按照生物有机肥，加水5份配成肥料悬浮液，浸苗根，然后种植。

　　种肥覆盖法：开沟播种后，用生物有机肥均匀覆盖种子。