“微生物肥料”，俗称菌肥，字面意思是含有有益微生物群落的肥料。主要是通过它所含的大量有益微生物来实现菌肥的功能。

从菌肥和有机肥的作用机理来说。菌肥实际上是一组微生物群体，可以为特定的作物提供有利于作物生长的微生物群落。首先要明白，微生物肥料并不直接为作物提供养分，菌肥是通过微生物的活动为作物增加养分以促进生长。以多孢菌的解磷作用为例，多孢菌产生有机酸(氨基酸、草酸等。)通过代谢活动。这些酸不仅能直接溶解土壤中的不溶性磷酸盐，还能从难溶性无机磷灰石中释放出正磷酸盐。有机肥直接给农作物提供营养元素。有机肥通过在土壤中的不断矿化，可以长期为作物提供多种养分和活性物质

我们从功能上看一下菌肥和有机肥的区别。微生物肥料有几个主要作用，包括增加土壤肥力，控制有害微生物，促进植物生长，提高作物品质。以多孢菌为例来讲这四种作用是：1.多孢菌进入土壤后，能分解固化的无机盐，使之成为植物可以吸收利用的养分，从而降低含盐量，消除土壤板结，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤的保水保肥能力，从而增加土壤肥力；2.多孢菌在生长过程中能代谢和分泌细菌素(枯草菌素、多粘菌素、几丁质等。)、脂肽类化合物、有机酸等。这些代谢产物能有效控制病原菌的生长或溶解病原菌，从而将其消灭 3.在适宜的培养条件下，多孢菌菌株产生的具有促进作物生长功能的活性物质包括赤霉素、吲哚乙酸等。4.多孢菌可以增加农产品中的有效营养成分，如面粉中的面筋含量、不同大豆中的油脂含量、蔬菜和水果中的维生素和糖含量等，从而提高农作物的品质。

有机肥的作用在于营养比较全，肥效均衡稳定。有机肥可以活化土壤酶活性，促进根系发育。有机肥还能为土壤微生物活动提供能量和养料，促进微生物活动，加速有机质分解，产生能促进作物生长和提高农产品品质的活性物质。