土壤板结和药物危害(土壤中农药残留严重)，引起农作物各种病害。如果土壤富含有机质，这些危害可以减少甚至避免。我们都知道生物肥料中的活性菌很重要。其中菌的活性非常重要。

当然，考虑到微生物菌肥的主要成分是生物活性菌，使用过程中禁止以下操作。

1.不要与杀菌剂混合。

2.紫外线可以杀灭微生物菌肥中的生物活性菌。

3.与化肥混合化肥用量不宜过大。高浓度化学物质对菌肥里的微生物有破坏作用。

4.注意温度过高、过低、干旱的条件下不建议施用生物菌肥，会影响菌肥的活性。

5.注意不要冲施生物菌肥，因为水会分散菌群，影响菌肥料的效果。

6.菌肥中菌存活的条件是有机质。有机质通常被称为生物菌肥的载体。换句话说，有机质是生物细菌赖以生存的食物，所以记得补充土壤有机质。