微生物肥料产品中的菌种类不是越多越好。主要原因是产品中的微生物类型须是能生存功能上互补的。混合后的每个菌种都应保持较高的生存力，不相互拮抗。施于土壤后还能从土壤中分离到一定数量的与微生物肥料制造中相同的菌株。

其次，每种微生物肥料产品中的菌种的功能应该是互补的。将不同功能的菌种结合到一个产品中，实现产品功能的多样化和应用效果的稳定。一般来说，同一种产品中大约有3种左右的菌种。含有太多菌种的微生物肥料被用于农田。由于土壤生态环境中各种因素的影响，往往存活下来的有效细菌是有限的。

含有过多菌种的微生物菌施用于农田后，能存活并继续繁殖其菌株的菌株并不等于原来加入的菌株。目前发现有很多盲目的菌种组合，比如把几种不同功能的芽孢菌放在一个产品中，这样失去了合理的菌种组合可以拓展应用功能的目的。微生物肥料施用的土壤环境是多样的，同一种菌肥中存在着功能相同的不同菌株，会表现出不同的存活率。