生物有机肥的特点是既有传统有机肥的作用，又有大量有益生物菌的作用。它既有传统有机肥的特点，又有生物肥的特点。它克服了有机肥的缺点，也补充了单独使用生物肥时营养不足的缺陷。有机肥和生物肥同时使用是一种互补的农艺措施。传统有机肥一般指农家肥。原料大部分用于农田，如畜禽粪便、河泥等。传统有机肥不使用菌种，自然发酵，发酵微生物是自然环境中的各种微生物。特别是在病害多的地区，环境中的病原微生物也在繁殖，对农作物甚至人体健康都会产生一定的影响。生物有机肥是在一定的封闭环境中，应用非病原有益微生物进行好氧发酵。发酵过程达到60℃以上，消灭病原微生物、杂草种子和害虫。因此，腐熟的有机肥料没有影响农业生产的负面因素。为了提高生物菌肥的针对性，一些公司还在腐熟的有机肥中添加纯净的、有针对性的有益微生物，或者通过二次发酵增加微生物菌的含量来增加微生物菌的含量。传统有机肥为了提高腐熟度， 延长腐熟时间，由于有机质进入厌氧发酵，产生大量臭气，会损失有机肥的肥力 。如果缩短发酵时间， 腐熟度又不够，会增加病虫草害，影响植物的营养吸收，有时有烧根、烧苗现象发生 。生物有机肥可以解决这些传统有机肥的缺陷。生物有机肥不诱发病虫害的优点。生物有机肥兼有生物肥和有机肥的优点，是比传统农家肥更好的肥料。