使用生物肥料需要一定的环境条件和培养措施，以保证微生物生长繁殖所需的环境条件，使肥料发挥作用；

生物肥不宜单独施用，须与化肥、有机肥配合施用。只有这样，才能十足发挥生物肥的增产效益；

生产、运输、储存、使用过程中注意灭菌条件。

由土壤中某些具有特定功能的细菌制成的菌肥具有改良土壤的作用、保护生态环境等生态效益，但长期以来，由于一些菌肥效果不稳定，菌数量少，无效有害杂菌多，细菌在土壤中的存活率低，导致菌肥在作物生产上效果不理想。