1.增加营养

固定空气中的氮，分解和转化土壤中未被作物利用的养分这是微生物肥料的主要功能之一。例如各种自生的、联合的或共生的固氮微生物可以增加土壤中的氮素含量；能够溶解多种磷和解钾的微生物，它可以分解土壤中不溶性的磷和钾，转化为作物可以吸收利用的养分为作物生长和发育提供营养。

2.土壤中的有机物不断分解转化。形成腐殖质，促进土壤团聚体的形成。有些微生物还能产生胞外多聚物，如胞外多糖和多肽，与植物粘液、矿物质和有机胶体结合。在一起使小团聚集体聚合在一起形成大聚集体。土壤团聚体是土壤的一种量度质量的重要指标，促进土壤团聚体的形成，打破土壤板结，改变改善土壤通风，提高土壤储肥保水能力，提高作物抗旱能力，对提高肥料利用率，增强作物抗逆性有重要作用。

3.促进生长

微生物肥料施用后能使作物生长发育，增强作物体内酶的活性，促进健壮生长，提高抗逆性。对作物的生根、促长、保花、保果等生理过程有一定的影响。

4.减少病害

许多土传病害的病原菌聚集在作物根际，施用微生物肥料之后，有益微生物在作物根际周围生长繁殖，成为优势微生物种群占据根区生态位，能有效控制病原菌的增加。一些功能微生物可以在作物根系的分生区和伸长区大量定殖和形成生物膜，从而防止病原菌侵染根部。一些微生物也可以提高作物抗病能力，减少病害的发生。

5.提高质量

施用微生物肥料后，减少了化肥用量，提高了作物的抗病能力。能力，从而减少化肥和农药的土壤面源污染、地下水污染、减少作物中低有害物质的积累提高了农产品的质量，同时可增加产品中维生素C、糖和氨基酸的含量，改善口感和耐存储容量得到增强。