随着化肥施肥量的增加，土壤结构破坏，有机质出现含量下降等现象，在某些地区出现如河流湖泊富营养化、农产品质量下降等一系列严重的生态和环境问题。因此，微生物肥料越来越受欢迎。微生物肥料可以有效利用大气中的氮素或土壤中的营养资源，可以降生产成本，增加作物产量，改善作物质量，减少环境污染，并在某些程度上改善土壤的理化性质等，在农业长期可持续发展的道路上，微生物肥料是不可或缺的一员。微生物菌肥的独特优势体现在以下几个方面：

“无中生有”，给予农作物可利用的营养，减少化肥用量，节约成本。微生物菌肥含有不同的活性微生物。固氮微生物可以通过固氮酶的作用将空气中的氮转化为农作物中可以被吸收得氨，减少化肥的施用量。可以加速分解土壤中的有机物质为作物可以直接吸收的小分子营养物质。微生物肥料利用了微生物的独特特性，可以增加土壤中的有效养分为目的，施用量一般较小，生产过程中消耗的能量也很少。施用微生物肥料还可节省化肥施用量，因此节约了施肥成本。

提高作物产量，改善作物品质，实现丰收、效益好。微生物菌肥中含有一些微生物，它们的代谢产物可以使作物生长。并且还为作物提供微量元素，能使作物根系的生长发育，增强抗病抗体抵御干旱和寒冷的能力。由于抗逆性的增强，农作物用药少，病害少，品质有了很大的提高，再加上微生物菌肥中的一些代谢产物，有促早熟的作用。微生物菌肥应用与不使用生物菌肥的作物相比，经济效益可观。