土壤水分：土壤含水量过多或不足都会影响生物菌肥的施用效果。因为生物菌肥中的生物菌大部分是好氧菌，在土壤干湿的时候都是活跃的。所以，施用生物菌肥后，要注意合理浇水，宜选择阳光充足的。既能提高地温，又能晾晒去湿。注意浇水。之后宜行锄，增加土壤通透性，对生物菌有利。

土壤温度：生物菌肥中的生物菌一般生活在18℃-25℃的土壤中。15℃以下开始降低，生命活动开始减少，10℃以下活动能力微弱，甚至休眠。
因此，冬春大棚蔬菜施用菌肥后，注意调节地面温度。控制棚内温度，促进地温上升。
土壤pH值：土壤偏酸或偏碱都不利于生物细菌的生长和繁殖。土壤pH值在6.5-7.5之间时，适合生物细菌的繁殖。菜农可以根据土壤情况进行改造，使土壤的pH值达到6.5-7.5，以保证生物细菌的大量繁殖。

增施有机肥：施用生物菌肥后，还要注意增加有机肥的施用量。因为生物菌在土壤富含有机物时，才能发挥作用。