“微生物肥料”，俗称菌肥，字面意思是含有有益微生物群落的肥料。它属于一种活体肥料，主要是通过它所含的大量有益微生物的生命来实现菌肥的功能。

“有机肥”也就是俗称的农家肥。农家肥的主要来源是动物和植物，它们为作物提供多种 肽类，包括氮、磷和钾。增加土壤有机质，促进微生物繁殖。

从菌肥和有机肥的作用机理来说。菌肥实际上是一组微生物群落，可以为特定的作物提供有利于作物生长的微生物群落。，微生物肥料并不直接为作物提供养分，菌肥是通过微生物的生命活动为作物增加养分以促进生长。以多孢菌的解磷作用为例，多孢菌产生有机酸(氨基酸、草酸、富马酸等。)通过代谢活动。这些酸不仅能直接溶解土壤中的不溶性磷酸盐，还能从不溶性无机磷灰石中释放出正磷酸盐。有机肥直接给农作物提供养分。有机肥通过在土壤中的不断矿化，可以长期为作物提供多种养分和活性物质，特别是有机质中丰富的碳源可以促进植物的生长。

功能上看一下菌肥和有机肥的区别。肥料有四个主要作用，包括增加土壤肥力，控制有害微生物，促进植物生长，改良作物品质。以多孢菌为例。这四种作用是：1)多孢菌进入土壤后，能分解固化的无机盐，使之成为植物可以吸收利用的养分，从而降低含盐量，缓解土壤盐渍化，促进土壤团粒结构的形成，提高土壤的保水保肥能力，净化土壤，从而增加土壤肥力；2)多孢菌在生长过程中能代谢和分泌细菌素(枯草杆菌蛋白酶、多粘菌素、几丁质等。)、脂肽类化合物、有机酸等。这些代谢产物能有效控制病原菌的生长或溶解病原菌，从而将其消灭，对连作有较高的抗性；3)在适宜的培养条件下，多孢菌菌株产生的具有促进作物生长功能的活性物质包括赤霉素、吲哚乙酸等。促进作物生长和繁殖。

有机肥的作用在于营养均衡，肥效持久稳定。有机肥可以活化土壤酶，促进根系发育。有机肥还能为土壤微生物活动提供能量和养分，促进微生物活动，加速有机质分解，产生能促进作物生长和提高农产品品质的活性物质。