1.选择合格的微生物肥料。质量低、有效活菌数少、杂菌含量高或过期的产品不能使用。

2.在施肥过程中尽量减少肥料中微生物的消灭。菌肥避免阳光直射，拌种时在阴凉处操作，拌种后及时播种，并立即覆土。一般菌肥不宜与有害农药、化肥混施。

3.创造适宜的土壤环境。在酸性土壤上施用前应中和土壤酸度。当土壤过于干燥时，应及时浇水。大雨过后，应及时去除田间积水，提高土壤的渗透性。

4.因地制宜推广应用不同微生物肥料。比如豆科作物要广泛施用根瘤菌肥，养分潜力大的土壤要施用能释放磷钾的微生物肥。

5.开袋后避免长时间使用，注意密封保存，避免菌种流失。如果袋子打开后长时间不使用，可能会有其他细菌侵入袋子，从而改变肥料中的微生物菌群，影响其使用效果。

6.避免在高温和干旱条件下使用。在高温干旱条件下，肥料中微生物的生存和繁殖会受到影响，不能发挥良好的作用。因此，应在阴天或晴天的晚上施用，并结合覆土、施肥、浇水等措施。避免微生物肥料受到阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。

7.避免与未完成的农家肥混合。与未分解的有机肥混合时，会因高温而消灭微生物，影响微生物肥料的发挥。