生物有机肥的特点是既有传统有机肥的功能，又含有大量有益的生物制剂。它兼具传统有机肥和生物肥的特点。

它克服了有机肥的缺点，补充了生物肥单独使用时营养不足的不足。同时使用有机肥和生物肥是一种互补的农艺措施。传统有机肥是自然发酵，没有菌种。发酵微生物是自然环境中的各种微生物。生物有机肥是在一定的封闭环境中，非病原有益微生物的好氧发酵。发酵过程达到60℃以上，消灭病原微生物、杂草种子和虫卵。

因此，腐熟的有机肥没有影响农业生产的负面因素。一些企业为了提高生物菌肥的针对性，在腐熟的有机肥中添加纯净的、有针对性的有益微生物，或者通过二次发酵增加有益微生物的含量，提高微生物菌剂的增效作用。

大量使用传统农家肥的农户都有一个体会，就是传统有机肥用得越多，病虫害越多，农药除草剂用得越多，成本越来越高。传统有机肥为了提高腐熟度，延长腐熟时间，有机质进入厌氧发酵，产生大量臭味，会失去有机肥的肥力。如果发酵时间缩短，成熟度不够，会增加病虫害和杂草的危害，影响植物的养分吸收，有时会出现烧根烧苗的现象。生物有机肥可以解决这些传统有机肥的缺陷。生物有机肥的优点是无异味，不会诱发病虫害。

由于缺乏有机营养物质，无机质载体生物制剂中活菌含量只会随着时间的延长和无机载体渗透压的变化而降低。有机肥作为载体的存在，会对生物菌剂产生倍数效应。生物有机肥兼有生物肥和有机肥的优点，是比传统农家肥较好的肥料。