有机肥富含有机质和多种养分，具有数量大、来源广、养分均衡等优点 相反，无机肥料具有养分含量高、肥效快、使用方便的优点，但也有养分单一的缺点。因此，有机肥的施用通常需要与化肥配合才能有效发挥其效益。有机肥和化肥配合使用，可以取长补短，互为优势。有机肥具有改良土壤、提高土壤肥力、增加产量、改良品质等作用。

有机肥中的主要物质是有机质，施用有机肥增加了土壤中有机质的含量。有机质可以改良土壤的物理、化学和生物特性，熟化土壤，提高土壤肥力。“地靠粪肥，苗靠粪肥长”的谚语，一定程度上反映了施用有机肥对改良土壤的作用。有机肥的施用不仅增加了许多的有机胶体，而且在微生物的帮助下，许多有机物分解成有机胶体，大大增加了土壤的吸附表面，产生了大量的粘性物质，使土壤颗粒胶结成稳定的团粒结构，提高了土壤的保水、保肥和透气性，以及调节土壤温度的能力。

有机肥的施用还能使土壤中的微生物大量繁殖，尤其是许多有益微生物，如固氮菌、氨化细菌等。有机肥中有动物消化道分泌的各种活性酶以及微生物产生的各种酶。这些物质施入土壤后，可以大大提高土壤的酶活性。多施有机肥可以提高土壤活性和生物繁殖转化能力，从而提高土壤吸收、缓冲和抗逆能力。