通过这些有益微生物的生命活动，将空气中不能利用的分子态氮转化为化合态氮，将土壤中不能利用的结合态磷、钾分解为有效态磷、钾。

通过这些有益微生物的生命活动，分泌生长素、细胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促进作物生长，调节作物代谢

通过有益微生物增殖产生大量多糖，与植物分泌的粘液、矿物胶体和有机胶体结合形成土壤团粒结构，从而提高土壤蓄肥蓄水的能力。微生物肥料能促进作物生长，改良土壤结构，提高作物产品质量，提高作物防病抗病能力，从而增产增收。