1.增加产量。实践证明，微生物肥料中的肥效为作物提供养分，而且其有效菌还能分泌赤霉素、生长素等活性物质，刺激、调节和促进作物的生长发育，有利于作物增产。

2.提高质量。微生物肥料能有效提高农产品的品质。实践证明，施用微生物肥料收获的农产品蛋白质、糖、维生素、氨基酸等有益成分含量显著增加，谷物和水果饱满光滑，果实色泽鲜艳，口感好，价值高。一些微生物肥料产品也可以减少硝酸盐的积累

3.增强作物的抗逆性。多种活性酶功能，能控制或杀灭病原菌，减少病害的发生，增强作物的抗逆性，能增强作物的抗旱性、抗寒、抗倒伏、防病、抗盐碱，能有效防止作物生理病害的发生。

4.提高化肥利用率。大多数微生物有效菌能分解土壤中的有机质，有机质分解过程中产生腐植酸，腐植酸与土壤中的氮形成腐植酸铵，可以减少氮肥的流失。解钾溶磷有效菌可将土壤中固化的化学钾肥和化学磷肥分解转化为有效钾和有效磷，提高其利用率，减少生产投资，减少环境污染

5.提高土壤养分。有效菌能促进土壤中不溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分供应能力。有效菌分泌的胞外多糖是土壤团粒结构的粘合剂，可以强化土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤渗透性和保水保肥能力，增加土壤有机质。