1.菌肥可以减轻病害，改良土壤，因为菌肥是有益的。由于优势菌群的形成，病原菌很难侵入繁殖，菌肥也可以使有机质不断释放植物生长所需的营养元素。增加土壤团粒结构，使土壤变得疏松，避免板结，作物也能长的好。

2.提高作物的抗旱、抗倒伏能力。同时，它们可以提高农产品的质量。

3.减少病害：施用菌肥后会形成优势菌群，然后可以减少病菌侵入和繁殖的机会，从而达到减少作物病害的目的。

4.土壤改良：菌肥可以通过微生物刺激 有机质释放养分活动中，有机质能不断释放植物生长所需的养分，从而有利于达到肥效长久的目的，有机质还可以改良土壤物理性状，增加土壤团粒结构使土壤疏松，减少土壤板结的概率。

5.提高农产品品质：施用菌肥后，农产品中的维生素C和氨酸和糖份的含量会增加，使农产品味道变好。